黃原膠是一種水溶性生物高分子聚合物，具有類似纖維素的聚β-1，4-吡喃型葡萄糖的主鏈以及含糖的側(cè)鏈（如丙酮酸和乙酸基因），其平均分子量在2x106~5x107道爾頓之間。
黃原膠下腳料大分子的一級結(jié)構(gòu)中，主鏈β-D葡萄糖經(jīng)由1，4-鍵連接，每兩個葡萄糖殘基環(huán)中的一個連接著一條側(cè)鏈，側(cè)鏈則是由兩個甘露糖盒一個葡萄糖醛酸交替連接而成的三糖基團。與主鏈直接相連的甘露糖的c6上有一個乙酸基團，末端甘露糖的c4-c6上則有一個丙酮酸。
黃原膠下腳料生物大分子的聚集態(tài)結(jié)構(gòu)：側(cè)鏈與主鏈間通過氫鍵結(jié)合形成雙螺旋結(jié)構(gòu)，并以多重螺旋聚合體狀態(tài)存在，正是由于這些多螺旋體次年過程的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)，使黃原膠下腳料具有良好的控制水的流動性質(zhì)，因而具有很好的增稠性，在制香膠粉的使用中經(jīng)常加入這種產(chǎn)品，提高其堅挺程度。黃原膠分子中帶電荷的三糖側(cè)鏈圍繞主鏈骨架結(jié)構(gòu)反向纏繞，形成類似棒狀的剛性結(jié)構(gòu)。這種有趣的結(jié)構(gòu)一方面使主鏈免遭酸、堿、生物酶等其它分子的破壞作用，保持黃原膠溶液的粘度不易受酸堿的影響，抗生物降解；另一個方面該結(jié)構(gòu)狀態(tài)又使其一定濃度的水溶液呈現(xiàn)溶致液晶的現(xiàn)象。